Sejarah Desa Babadan tidak terlepas dari sejarah masyarakat primitive di Kabupaten Ngawi. Desa ini awalnya pecahan dari desa Gentong dan Desa Semen, Saat itu Kepala Desa adalah Bapak Proyo Sentono yang menjabat selama 30 Tahun yang merupakan kepala desa yang pertama dan bertempat tinggal di Dusun Nanggalan. Desa Babadan merupakan desa paling selatan di Kecamatan Paron, Nama Desa Babadan diambil dari sebuah kegiatan pembukaan lahan hutan dalam jawa disebut babat  dari kegiatan tersebut maka jadilah nama Desa Babadan.

Pada awalnya Desa Babadan hanya terdiri dari Empat Dusun dan dengan berkembangnya zaman serta pertambahan penduduk Desa Babadan berkembang menjadi lima Dusun yaitu Dusun Babadan Wetan, Dusun Babadan Kulon, Dusun nanggalan, Dusun Jatisari dan Dusun Brendil.

Kepala Desa yang pernah menjabat di Desa Babadan sampai saat ini ada delapan kepala desa yang pertama Proyo Sentono yang menjabat selama 30 tahun bertempat tinggal di Dusun Nanggalan. kedua yaitu Harjo Sedono yang menjabat kurang lebih 6 tahun dan bertempat tinggal di Dusun Nanggalan. Kepala Desa  yang ketiga yaitu Mulyo Taruno menjabat selama 35 tahun yang bertempat tinggal di Dusun Babadan wetan. Selanjutnya yang keempat yaitu Soemo Darmodjo menjabat 20 tahun. Kepala Desa yang kelima yaitu Sukamto yang menjabat 8 tahun. Kepala Desa yang keenam yaitu Surawan menjabat selama 14 tahun. Kepala Desa yang ketujuh yaitu Joko Setyono menjabat selama 6 tahun dan saat ini dikepalai oleh Siti Yusmini.

Di Desa Babadan terdapat dua lokasi wisata yaitu papan ritual yang terdapat di hutan Ketonggo yang bernama Srigati. Srigati dahulu pernah menjadi tempat pertapaan oleh Raja Majapahit yaitu Raja Brawijaya V dan juga Ir. Soekarno sebelum Indonesia merdeka. Di Srigati sendiri setidaknya ada Sembilan petilasan yaitu Palenggahan Agung Srigati, Korigapit, Palenggahan Soekarno, Kali tempur/Tempuk, Pundhen Tugu Mas, Pundhen Sendang Drajat, Pundhen Watu Dakon, Gua Sidodadi dan punduk Legak Kecak. Lokasi wisata yang satunya yaitu wisata Umbul Jambe. Di wisata Umbul jambe ini terdapat mata air yang berada ditengah sungai yang tidak pernah kering walau musim kemarau.